Dr. Thomas Denecker
Résumé
Je suis actuellement ingénieur de recherche en courtage des données à l’Institut Français de Bioinformatique. L’objectif de ma mission est d’assurer l’orchestration des flux de données tout au long de la vie des projets de recherche, depuis leur production jusqu’à
leur valorisation dans les banques de données internationales, en passant par les chaînes de traitement et d’analyse, et en établissant des liens avec les informations contenues dans le Plan de Gestion de Données (PGD).
En parallèle de cette activité, je suis impliqué dans la formation continue en bioinformatique proposé par l’Institut Français de Bioinformatique .
Recherche
Mots clés
Biologie computationnelle, bioinformatique & biostatistiques - Data science - Data brokering -
Programmation et développement d’outils au service de la Biologie - Techniques expérimentales haut débit (puces à ADN,
RNAseq, spectrométrie de masse) - “Omiques” des champignons.
Productions scientifiques
- 9 articles scientifiques (dont 4 en premier auteur)
- 3 communications orales et 9 affichées (2 posters primés)
- 5 applications WEB (bPeaks App, PIXEL Web App, Pixel2, START-R, MONet)
- Outil de visualisation de réseaux de gènes coexprimés (iHKG viewer)
Encadrement
Stage d’une étudiante en L2 Bioinformatique
Sur les réseaux de recherche
ORCID -
ResearchGate -
scienceOPEN
Enseignements
Mots clés
Programmation - Web design - Reproductibilité - Bioinformatique - Analyse de données “omiques”
Formation initiale
- IUT Informatique - Orsay : Introduction à l'Algorithmique et à la Programmation C++ ; Conception de documents et interfaces numériques ; Introduction de base à la Programmation Orientée Objet en Java (Total : 64h/an)
- ENS - Cachan : UE Initiation à la recherche : outils scientifiques (Licence 3) - Création du contenu pédagogique
Formations professionnelles
- Formation à la reproductibilité “FAIR_Bioinfo - Formation et protocoles clé en main pour une biologie computationnelle reproductible” - GitHub - Création du contenu pédagogique
- Formateur à l’école de bioinformatique AVIESAN-IFB de Roscoff “Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit” - Atelier RNAseq - Site web
- Formateur au Diplôme universitaire "Création, analyse et valorisation de données omiques" - Site web
9
articles publiés
7
outils développés
20
communications orales
2
prix
Compétences
Traitement et analyse de données multiomiques
Docker, Git, Github, Jupyter, Singularity, Snakemake
C, C++, Java, Julia, Latex, Matlab, Postgresql, Python, R, Shell
CSS, Bootstrap, Django, Foundation, HTML, Javascript, PHP, Shiny
PyMOL, VMD, Neuron, Galaxy, Rstudio, ImageJ, Knime, OpenMS
blast, fastqc, multiqc, STAR, bowtie, Feature count, Orthofinder...
Latex, Markdown, Office, Prezi, Reveal.JS, ...
Savoir-faire pratique à la paillasse
Formation
Mon parcours scientifique a débuté en tant que technicien dans les laboratoires de l’Assistance Publique des Hôpitaux de Paris (période 2011 – 2014). J’ai observé l’arrivée des premiers séquenceurs à très haut débit (technologie Illumina). Pour mes collègues, une problématique majeure de l’utilisation de ces nouveaux appareils était la gestion, l’organisation et le traitement de la grande quantité de données générées (plusieurs Giga octets pour une seule analyse). Dans ce contexte, j’ai décidé de reprendre mes études. Souhaitant acquérir les compétences nécessaires à l’analyse de ces nouvelles informations biologiques, j’ai ainsi réalisé une Licence 3 puis un Master en Bioinformatique. En septembre 2020, j'ai obtenu mon doctorat en bioinformatique et analyse de données à l’Université Paris-Saclay.
Doctorat - Paris Saclay
2020
École doctorale Structure et Dynamique des Systèmes Vivants - Paris Sud - Paris Saclay
Vidéo de la soutencance
Doctorant à l’Université Paris Sud - Paris Saclay
2017-2020
École doctorale Structure et Dynamique des Systèmes Vivants - Paris Sud - Paris Saclay
Modélisation Formelle de Réseaux de Régulation Biologique
2019
École thématique CNRS - Porquerolles - Site web
Diplôme Universitaire "Création, Analyse Et Valorisation Des Données -Omiques"
2018
Mention Très bien - Université Paris Diderot – Paris 7 - Site web
Master en Bioinformatique
2016-2017
2ème année de Master en Bioinformatique - Biostatistique - Mention Très Bien
Université Paris Sud - Paris Saclay
2015-2016
1ère année de Master en Bioinformatique - Major de promotion - Mention Bien
Université Paris Diderot – Paris 7
Licence en Bioinformatique
2014-2015
3ème année de Licence en Bioinformatique
Major de promotion - Mention Très bien
Université Paris Diderot - Paris 7
Certificat de capacité pour effectuer des prélèvements sanguins
2014
Agence Régionale de santé
Formation aux gestes et soins d'urgences
2014
AFGSU niveau 2
Diplôme d’Etat de Technicien de Laboratoire Médical (DETLM)
2011-2014
Technicien de Laboratoire Médical (formation en 3 ans)
Major de promotion
Institut de Formation de Techniciens de Laboratoire Médical (IFTLM) de l’Assistance Publique – Hôpitaux de Paris
Etudiant en première année de médecine
2009-2011
PCEM1 puis PAES
Université Paris Descartes
Diplôme du Baccalauréat série S
2009
Mention Assez Bien
Académie de Versailles
Expériences
Au cours de mes études, je me suis toujours attaché à mettre en pratique les connaissances théoriques acquises en cours à travers différents stages.
Ingénieur de recherche en
2020 - Présent
Titre - Data brokering
Encadrant - Hélène Chiapello & Jacques van Helden
Localisation - Institut Français de Bioinformatique & l'unité de recherche MaIAGE (INRAE)
Préparation d’un doctorat
2017-2020
Titre - Bioinformatique et analyses de données multiomiques : Principes et applications chez les levures
pathogènes Candida glabrata et Candida albicans
Encadrant - Gaëlle Lelandais
Localisation - Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC) - Université Paris Sud
Stage en Biologie computationnelle et Bioinformatique
2017
Titre - Étude de l’adaptation à la carence en fer de la levure pathogène Candida glabrata : analyse bioinformatique de données
multi-omiques
Encadrant - Gaëlle Lelandais
Localisation - Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC) - Université Paris Sud
Durée - 6 mois
2016
Titre - Etude de protéomique quantitative chez C. albicans et C. glabrata
Encadrant - Gaëlle Lelandais
Localisation - Institut Jacques Monod - Université Paris Diderot - Paris 7 - CNRS
Durée - 2 mois
2016
Titre - Analyse de données à haut débit du programme temporel de la réplication
Encadrant - Jean-Charles Cadoret
Localisation - Institut Jacques Monod - Université Paris Diderot - Paris 7 - CNRS
Durée - 5 mois
2015
Titre - Analyse de données à haut débit du programme temporel de la réplication
Encadrant - Fabien Fauchereau
Localisation - Institut Jacques Monod - Université Paris Diderot - Paris 7 - CNRS
Durée - 3 mois
Stage en Informatique
2015
Titre - Mise en place d’un réseau expérimental utilisant Homenet
Encadrant - Juliusz Chroboczek
Localisation - UMR 7126 - Laboratoire Preuves, Programmes et Systèmes - Université Paris Diderot - Paris 7
Durée - 6 mois
Stage en génétique médicale
2014
Titre - Etude d’un gène candidat dans le syndrome CHARGE
Encadrant - Tania Attie-Bitach
Localisation - UMR 7126 - Laboratoire Preuves, Programmes et Systèmes - Université Paris Diderot - Paris 7
Durée - 3 mois
Stages de Technicien de Laboratoire
2011 - 2014
Titre - Formation aux techniques de laboratoires hospitaliers
Secteurs - Biochimie, hématologie, ...
Localisation - Assistance Publique – Hôpitaux de Paris (HEGP, Necker - Enfants malades, Antoine Béclère,…)
Durée - 7 mois (cumulés)
Enseignements
Une de mes motivations à réaliser un doctorat était la possibilité d'enseigner. Dans cette optique, j'ai pris une charge d'enseignement à l'IUT d'informatique d'Orsay. En parallèle, je me suis impliqué dans la formation continue dont notamment par la création d'une formation sur la reproductibilité.
Formation initiale
Introduction à l'algorithmique et à la programmation
2018 - 2019
IUT Orsay - Informatique
Travaux pratiques - 38 heures (2019) et 38 heures (2018)
Conception de documents et interfaces numériques
2017 - 2019
IUT Orsay - Informatique
Travaux pratiques - 38 heures (2019), 38 heures (2018), 45 heures (2017)
Programmation Structurée en Java et Machine Virtuelle
2018
IUT Orsay - Informatique
27 heures (Travaux pratiques) et 2h (cours magistral)
Initiation à la recherche : outils scientifiques
2017 - 2018
ENS Cachan - L3
Cours magistraux et travaux pratiques - 27 heures (2018) et 40 heures (2017)
Formation continue
Les principes FAIR appliqués à la bioinformatique
2020
Introduction à la reproductibilité et à la science ouverte
Institut Français de Bioinformatique & Institut de Biologie Intégrative de la Cellule
3 jours - En savoir plus
Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit
Ecole de bioinformatique AVIESAN-IFB - 1 semaine2020
Travaux pratiques, encadrement de tutorés et
cours ((Re)découverte de R et Introduction à slurm)
En
savoir plus
2019
Travaux pratiques et encadrement de tutorés
En savoir plus
Création, Analyse Et Valorisation Des Données - Omiques
2019
Travaux pratiques
Université Paris Diderot – Paris 7
10 heures - En savoir plus
FAIR bioinfo
2018 - 2019
Création d’une formation sur la reproductibilité en bioinformatique
I2BC - CNRS - Paris Saclay
12 heures (sur 6 mois) - En savoir plus
Communications
Ecrites
2020
Functional networks of co-expressed genes to explore iron homeostasis processes in the pathogenic yeast Candida glabrata
T Denecker, Y Zhou Li, C Fairhead, K Budin, JM Camadro, M Bolotin-Fukuhara, A Angoulvant, G Lelandais
NAR Genomics and Bioinformatics, Volume 2, Issue 2, June 2020, lqaa027, Lien vers l'article
Efficient, quick and easy-to-use DNA replication timing analysis with START-R suite
D Hadjadj, T Denecker (co-premier), E Guérin, SJ Kim, F Fauchereau, G Baldacci, C Maric and JC Cadoret
NAR Genomics and Bioinformatics, Volume 2, Issue 2, June 2020, lqaa045, Lien vers l'article
FAIR_Bioinfo: a turnkey training course and protocol for reproducible computational biology
T Denecker & C Toffano-Nioche
HAL
2019
Label-free quantitative proteomics in Candida yeast species: technical and biological replicates to assess data reproducibility
Lelandais G, Denecker T, Garcia C, Danila N, Léger T, Camadro JM.
BMC Res Notes. 2019;12(1):470. Published 2019 Aug 1. doi:10.1186/s13104-019-4505-8
NAR Genomics and Bioinformatics, Volume 2, Issue 2, June 2020, lqaa027, Lien vers l'article
Rendre ses projets R plus accessibles grâce à Shiny
Denecker T
Bioinfo-fr.net, Lien vers l'article
Pixel: a content management platform for quantitative omics data
Denecker T, Durand W, Maupetit J, Hébert C, Camadro JM, Poulain P, Lelandais G
PeerJ. 2019 Mar 27;7:e6623. eCollection 2019 Lien vers l'article
2018
Empowering the detection of ChIP-seq "basic peaks" (bPeaks) in small eukaryotic genomes with a web user-interactive interface
Denecker T, Lelandais G
BMC Res Notes. 2018 Oct 4;11(1):698. Lien vers l'article
2017
A hypothesis-driven approach identifies CDK4 and CDK6 inhibitors as candidate drugs for treatments of adrenocortical carcinomas
Djihad Hadjadj, Su-jung Kim, Thomas Denecker, Laura Ben Driss, Jean-Charles Cadoret, Chrystelle Maric, Giuseppe Baldacci
and Fabien Fauchereau
Aging (Albany NY). 2017 Dec 26;9(12):2695-2716. Lien
vers l'article
2016
Characterization of the replication timing program of 6 human model cell lines
Hadjadj D, Denecker T, Maric C, Fauchereau F, Baldacci G, Cadoret JC.
Genom Data. 2016 Jul 15;9:113-7. eCollection 2016.Lien
vers l'article
Orales
2020
Réseaux fonctionnels de gènes co-exprimés pour explorer l’homéostasie du fer chez la levure pathogène Candida glabrata
- Colloque interne GQE – Le Moulon, 2-3 mars 2020
- Séminaire à MaIAGE, INRAE, Jouy en Josas, 15 juin 2020
2019
FAIR_Bioinfo : La reproductibilité au service de la biologie computationnelle
- Aramis - La reproductibilité en pratique : méthodes et outils - Lien vers la webcast
- Centre National de Recherche en Génomique Humaine
- Cafés LoOPS - Lien vers la présentation
- Diderot Mix
Multi-Omics Data Integration to Model Iron homeostasis in pathogenic yeast Candida glabrata
- Journée du département - Institut de Biologie Intégrative de la Cellule Institut de Biologie Intégrative de la Cellule - 15 mai 2019
Affichées
2020
Systematic Analysis of Protein Post-translational Modifications at a Proteomic Scale in the pathogenic yeast Candida albicans
T Denecker, N Senecaut, P Poulain, G Lelandais, JM Camadro
- Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques - Montpellier - Juillet 2020
Functional networks of co-expressed genes to explore iron homeostasis processes in the pathogenic yeast Candida glabrata
T Denecker, Y Zhou Li, C Fairhead, K Budin, JM Camadro, M Bolotin-Fukuhara, A Angoulvant, G Lelandais
- Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques - Montpellier - Juillet 2020
Functional networks of co-expressed genes to explore iron homeostasis processes in the pathogenic yeast Candida glabrata
T Denecker, C Hernandez, C Toffano-Nioche
- Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques - Montpellier - Juillet 2020
2019
Multi-Omics Data Integration to Model Iron homeostasis in pathogenic yeast Candida glabrata
T. Denecker, Y. Zhou-Li, C. Fairhead, JM Camadro, M. Bolotin-Fukuhara, A. Angoulvant and G. Lelandais
- Journée du département - Institut de Biologie Intégrative de la Cellule Institut de Biologie Intégrative de la Cellule - 15 mai 2019
- Modélisation Formelle de Réseaux de Régulation Biologique - École thématique CNRS - Porquerolles - 24 -28 juin 2019
2018
Transcriptomics data explorations to decipher iron homeostasis in the pathogenesis yeast Candida glabrata
Thomas Denecker, Adéla Angoulvant, Y. Zhou-Li, Monique Bolotin-Fukuhara, Cécile Fairhead, Jean-Michel Camadro and Gaëlle Lelandais
- Junior conference on data science and engineering - Paris Saclay - 13 et 14 septembre 2018
Pixel: an open source solution for annotation, storage, mining and integration of multi-omics data in biology
Thomas Denecker, William Durand, Julien Maupetit, Charles Hébert, Jean-Michel Camadro, Pierre Poulain and Gaëlle Lelandais
- Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques - Marseille - Juillet 2018
2017
Création d’un outil numérique au service de la communication : application aux bonnes pratiques de lubrification des moteurs chirurgicaux
Chasport C., Coat B., Denecker T., Escalup-Delhommeau R., Chast F.
- SF2S - Antibes - 21 et 22 septembre 2017
Study of the adaptation to iron deficiency of the pathogenic yeast Candida glabrata : bioinformatics analyses of multi-omics data
Denecker T., Poulain P., Zhou Y., Hebert C., Gallopin M., Fairhead C., Bolotin M., Camadro J.M., Angoulvant A. and Lelandais G.
- Junior conference on data science and engineering - Paris Saclay - 14 et 15 septembre 2017
2016
A hypothesis driven approach identifies new targets for treatments of adrenocortical carcinomas
Hadjadj D., Kim SJ., Denecker T., Ben Driss L., Cadoret JC., Maric C., Baldacci G., and Fauchereau F.
- Young Researchers in Life Science – Institut Imagine - Paris - 15,16 et 17 mai 2016
Characterization of the replication timing program in 6 different human cell lines
Hadjadj D, Denecker T, Fauchereau F, Haenni AL, Maric C, Baldacci G, Cadoret JC
- Young Researchers in Life Science – Institut Pasteur - Paris - 18,19 et 20 mai 2016
New method to generate and analyze replication timing in mammalian cells
Hadjadj D., Denecker T., Fauchereau F., Maric C., Haenni AL., Baldacci G., Cadoret JC.
- GDR Replication of eukaryotic chromosomes and its checkpoints - Toulouse - 3 et 4 mai 2016
- Young Researchers in Life Science – Institut Pasteur - Paris - 18, 19 et 20 mai 2016
Outils développés
bPeaks application : Empowering the detection of ChIP-seq "basic peaks" (bPeaks) in small eukaryotic genomes with a web user-interactive interface
Description Outil d’exploration des données ChIP-seq des petits eucaryotes avec une base de données en PostgreSQL et une interface web (HTML, CSS, Javascript) générer par Shiny
Liens utiles GitHub - Site web - Article
iHKG viewer
Description Visualisation de graphes de coexpression chez C. glabrata à l'aide de Cytoscape à travers d'une interface web (HTML, CSS, Javascript)
Liens utiles GitHub - Site web - Article
LUBRIFICATION
Description Outil au service de la communication : application aux bonnes pratiques de lubrification des moteurs chirurgicaux. La base de données est créée avec PostgreSQL et l'outil est accessible par une l'interface web (HTML, CSS, Javascript et PHP).
MONet : Multi-Omics NETworks
Description Outil pour l’intégration et la visualisation de réseaux multi-omiques. Les données sont collectées notamment avec des APIs, l'interface utilisateur a été créée avec Shiny et les réseaux sont générés et visualisés avec visNetwork et iGraph.
Liens utiles GitHub
Pixel: A Content Management Platform for Quantitative Omics Data
Description Outils de stockage de données multi-omiques (PostgreSQL) accessible par une interface web créée avec Django.
Pixel2 : A content management platform for quantitative and qualitative omics data
Description Outils de stockage de données multi-omiques (PostgreSQL) accessible par une interface web créée avec Shiny.
Liens utiles GitHub
START-R : Simple Tool for the Analysis of the Replication Timing based on R
Description Outil d’analyses de données du programme temporel de la réplication chez l’Homme et la souris. L'interface web a été créée avec Shiny.
Prix et Distinctions
Prix du meilleur poster JOBIM 2018
Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques - Marseille - Juillet 2018
Prix du meilleur poster au GDR DNA replication meeting
Groupe De Recherche (GDR) Replication of eukaryotic chromosomes and its checkpoints - Toulouse - Mai 2016
Organisation
Journée de l’école doctorale "Structure et Dynamique des Systèmes Vivants”
2019 - 2020
Représentant des doctorant et Juré pour décerner le prix de la meilleure présentation oral et le meilleur poster
Ecole doctorale "Structure et Dynamique des Systèmes Vivants
4 avril 2019 (Versailles) et 25 mars 2020 (I2BC)
Junior conference on Data Science and Engineering
2017 - 2018
Membre du comité d’organisation étudiant
Paris-Saclay, 14-15 Septembre 2017 et 13-14 Septembre 2018
Responsabilités
Représentant des doctorants
2019 - 2020
Ecole doctorale "Structure et Dynamique des Systèmes Vivants
Président d’une association étudiante : Kolitech
2012 - 2014
Association étudiante de l’Institut de Formation de Techniciens de Laboratoire Médical (IFTLM)
Contact
Localisation
INRA - Unité MaIAGE
Bât 210 et 233
Domaine de Vilvert
78352 JOUY-EN-JOSAS Cedex
© 2020 Copyright: Thomas DENECKER - Dernière MAJ : Juin 2020